課程規劃
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碩士班
課程規劃主要針對「組織工程」、「生物醫學儀器」、「生物感測器」、「生物醫學影像」等四大研究研究領域，目標乃是培育生醫工程之全方位人才。除生醫工程所開授之課程外，學生可依其背景與未來發展方向，選修工學院、生命科學院、農資學院、獸醫學院相關課程。
畢業條件
【107學年度前】
※最低畢業學分為 30 學分，其中必修學分為 9 學分 ( 含碩士論文 6 學分 ) ，選修學分為 21 學分。
【107學年度入學後】
※最低畢業學分為30學分，其中必修學分為12學分（生醫工程導論6學分、專題討論(一)0學分、專題討論(二)0學分、碩士論文6學分），選修學分為18學分。
※抵免學分：最高12學分；承認外系學分：最多12學分。
課程
※每學期實際開設課程可登入興大入口後進入教務系統查詢，亦可透過課程查詢系統確認。
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| 必修課程 | ||||
| 學期/學年 | 學分數 | 建議修課年級 | ||
| 生醫工程導論 | Introduction to Biomedical Engineering | 學年課 | 6 | 碩一 |
| 專題討論(一) | Seminar I | 學年課 | 0 | 碩一及碩二 |
| 專題討論(二) | Seminar II | 學年課 | 0 | 碩一及碩二 |
| 碩士論文 | Dissertation | 學年課 | 6 | 碩二 |
| 選修課程 | ||||
| 治療診斷(一) | Theranostics I | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 治療診斷(二) | Theranostics II | 學期課 | 3 | 碩二 |
| 醫學電子學 | Medical Electronics | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 分子細胞生物學 | Molecular cell biology | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生醫光電導論 | Introduction to Biophotonics | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 蛋白質工程學特論 | Protein engineering | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 奈米科技與藥物釋放 | Nanotechnology in Drug Delivery | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生物有機化學 | Bioorganic Chemistry | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 現代光譜學－生物物理學與生物化學解析 | Modern Optical Spectroscopy: With Exercises and Examples from Biophysics and Biochemistry | 學期課 | 3 | 碩、博士生 |
| 奈米生醫 | Nanobiotechnology | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生醫微機電 | Bio Microelectromechanical Systems | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 奈米元件與檢測技術 | Fabrication and Characterization of Nano Devices | 學期課 | 3 | 碩、博士生 |
| 奈米仿生學 | Nano-Biomimetics | 學期課 | 3 | 碩、博士生 |
| 光化學 | Photochemistry | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 醫療器材品質驗證系統 | Medical Devices Quality System | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 醫療儀器的開發與規範導論 | Introduction to Medical Device Development and Regulation | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生理控制系統: 分析與模擬 | Physiological Control System: Analysis and Simulation | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 電生理與復健 | Electrophysiology and Functional Electrical Stimulation | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生物有機奈米粒 | Bio-Organic Nanoparticles | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生物力學 | Biomechanics | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生醫光學影像系統工程 | Biomedical Optic Imaging Engineering | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 奈米科技導論 | Introduction to Nanoscience and Nanotechnology | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生醫組織工程學 | Biomedical Tissue Engineering | 學期課 | 3 | 碩、博士生 |
| 生物材料與血管新生 | Biomaterials and Angiogenesis | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 慢性炎症性疾病的藥物傳遞策略 | Drug Delivery Strategies for Chronic Inflammatory Diseases | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 奈微米生醫晶片實驗系統 | Lab-on-a-Chip Microsystems | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生醫儀表學 | Biomedical Instrumentation | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生技醫材設計與開發 | Biomaterial Design and Development | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生醫奈米製程 | Biomedical nanofabrication | 學期課 | 2 | 碩一 |
| 醫材開發 | Biomaterials and Medical Device Development | 學期課 | 2 | 碩一 |
| 微創醫材 | Micro-invasive Surgery Device | 學期課 | 2 | 碩一 |
| 生醫檢測 | Biomedical sensing | 學期課 | 2 | 碩一 |
| 醫材開發實作 | Biomaterials and Medical Device Development | 學期課 | 1 | 碩一 |
| 醫材開發實習 | Internship of Biomaterial and Medical Device Development | 學期課 | 1 | 碩一 |
| 生醫微奈米製程 | Biomedical Micro/Nano Fabrication and Characterizeatio | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 醫材開發 | The Developments of Biomaterials for Biomedical Application | 學期課 | 3 | 碩、博士生 |
| 奈米生醫感測技術 | Application of Nanotechnology in Biosensing | 學期課 | 3 | 碩一 |
| 生物科技之產業化 | Commercialization of Biotechnology | 學期課 | 1 | 碩、博士生 |